Решение о ежегодном праздновании Дня Балтийского моря было принято на 17-м заседании Комиссии по охране морской окружающей среды района Балтийского моря (ХЕЛКОМ) в 1986 году.

Членами ХЕЛКОМА являются девять стран морского побережья – Россия, Финляндия, Швеция, Дания, Германия, Польша, Литва, Латвия и Эстония, а также Европейский союз. В последние годы экологи утверждают, что этот водный коридор завален мусором и остро нуждается в очистке.

Стремительное развитие портовых комплексов в Санкт-Петербурге и Ленинградской области, рост нефтеперевозок создают серьезные экологические риски, считают экологи. Уже сейчас по Неве через Санкт-Петербург ежегодно транспортируется почти 5 млн тонн нефтепродуктов, по Финскому заливу перевозится 30–40 млн т нефтепродуктов в год, в ближайшей перспективе этот объем может возрасти до 100 млн т.

Представители государственных природоохранных служб и экологических общественных организаций считают, что должен быть принят ряд мер по снижению риска нефтяного загрязнения на Балтике, в том числе: расчет экологической емкости акватории Финского залива; квотирование количества танкеров, находящихся в акватории залива в определенный отрезок времени; вывод из эксплуатации однокорпусных танкеров; разработка комплексного плана по ликвидации нефтяных разливов и др.

 В программе Дня Балтийского моря проходят научно-практические конференции, конкурсы детских экологических рисунков, телемосты с природоохранными организациями Швеции и Финляндии, пресс-конференции для журналистов, встречи специалистов, интересующихся вопросами состояния Балтики и оказывающих помощь в возрождении ее экологического благополучия, обмен опытом на региональном и международном уровнях.

22 марта 2000 года в Санкт-Петербурге по решению Государственного Комитета Российской Федерации по охране окружающей среды впервые был отмечен Международный День Балтийского моря.